O Fundo de Bolsas de Manutenção foi criado em 2005 pelo Instituto Embraer de Educação e Pesquisa. Tem por objetivo ajudar no custeio das despesas de moradia, alimentação, transporte, entre outras, dos ex-alunos do Colégio Engº Juarez Wanderley que estão estudando em universidades fora da região de São José dos Campos.

As Bolsas de Manutenção são concedidas somente para alunos com ótimo desempenho acadêmico, aprovados em universidades públicas, ou particulares com bolsa de estudo do Governo (PROUNI), e que possuem limitações financeiras que os impedem de continuar estudando.

O Fundo de Bolsas é constituído por doações de pessoas físicas e jurídicas. A Embraer é a maior contribuinte do Fundo, garantindo até 25% do montante pago aos bolsistas. Participam também empresas parceiras, clientes, doadores individuais e empregados da Embraer.

Os próprios ex-alunos do Colégio Eng. Juarez Wanderley deverão, mais à frente, tornar-se contribuintes do Fundo, após a graduação do curso superior, devolvendo o valor da bolsa, corrigido monetariamente.